Filogenia y evaluación de aminoácidos conservados en la función de la proteína transportadora de cromato ChrA - Díaz Pérez, César (Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, 2005)
ChrA protein, encoded in a plasmid of Pseudomonas aeruginosa, confers resistance to the toxic ion chromate (CrO4 2–) by its expulsion from the cytoplasm. Within the databases of protein families, ChrA is part of the family called CHR. The objective of this work was to prepare a phylogenetic analysis of the CHR family and verify the importance of some amino acids conserved in the function of the ChrA protein of P. aeruginosa. An exhaustive search for ChrA homologous proteins was performed in the Swiss-Prot, NCBI, COG, Pfam and SYSTERS databases, using the Blastp and PSI-Blast programs. 135 sequences homologous to ChrA were obtained from P. aeruginosa: 77 long chain sequences, or bidominium (LCHR), and 58 short chain sequences, or monodomain (SCHR). The LCHR sequences were divided into the amino and carboxyl domains and aligned with the SCHR proteins, forming a set of 212 domains in total. A phylogenetic tree was constructed using four different methods, obtaining very similar results. The separate distribution of the domains of LCHR and SCHR suggests that SCHR proteins form a paralogic group within the LCHR family, and that only LCHR proteins have the ability to act as chromate transporters. Evidence was found suggesting that LCHR proteins arose from the fusion of two SCHR protein coding genes; This event happened a long time ago. Five highly conserved amino acids (80-90% identity), Gly44, Gly45, Trp63, Gly92 and Gly100 were selected. To verify its importance when conferring chromate resistance, directed mutagenesis was performed and the obtained mutants were tested for chromate susceptibility.

La proteína ChrA, codificada en un plásmido de Pseudomonas aeruginosa, confiere resistencia al ión toxico cromato (CrO4 2–) mediante su expulsión del citoplasma. Dentro de las bases de datos de familias proteicas, ChrA se encuentra formando parte de la familia denominada CHR. El objetivo de este trabajo fue elaborar un análisis filogenético de la familia CHR y verificar la importancia de algunos aminoácidos conservados en la función de la proteína ChrA de P. aeruginosa. Se realizó una búsqueda exhaustiva de proteínas homólogas a ChrA en las bases de datos Swiss-Prot, NCBI, COG, Pfam y SYSTERS, mediante los programas Blastp y PSI-Blast. Se obtuvieron 135 secuencias homólogas a ChrA de P. aeruginosa: 77 secuencias de cadena larga, o bidominio (LCHR), y 58 secuencias de cadena corta, o monodominio (SCHR). Las secuencias LCHR se dividieron en los dominios amino y carboxilo y se alinearon con las proteínas SCHR, formando un conjunto de 212 dominios en total. Se construyó un árbol filogenético aplicando cuatro métodos diferentes, obteniéndose resultados muy similares. La distribución por separado de los dominios de las LCHR y las SCHR, sugiere que las proteínas SCHR forman un grupo parálogo dentro de la familia LCHR, y que sólo las proteínas LCHR tienen la capacidad de actuar como transportadores de cromato. Se encontró evidencia que sugiere que las proteínas LCHR surgieron a partir de la fusión de dos genes codificantes de proteínas SCHR; dicho evento ocurrió hace mucho tiempo. Se seleccionaron cinco aminoácidos altamente conservados (80-90% de identidad), Gly44, Gly45, Trp63, Gly92 y Gly100. Para verificar su importancia al conferir resistencia a cromato, se realizó mutagénesis dirigida y a las mutantes obtenidas se les hicieron pruebas de susceptibilidad a cromato.
Instituto de Investigaciones Químico Biológicas. Maestría en Ciencias en Biología Experimental
Keywords: info:eu-repo/classification/cti/6; IIQB-M-2005-0002; Aminoácidos; Carboxilo; Bioinformática; http://bibliotecavirtual.dgb.umich.mx:8083/xmlui/handle/DGB_UMICH/3813